Как раз задача поиска границ однозначно решается только для атома водорода. Для всех остальных случаев, неопределенность границ остается. Это и есть неоднозначность установления электронной структуры молекул.
И именно эта задача решается в той или иной степени приближения.
Да, электроны считаем одинаковыми, потому что не можем их различить, но формы они принимают очень разные.
И их уже нельзя считать одинаковыми. И даже заряд электрона бывает размазанным по молекуле как блин на сковородке.